O Laboratório Central de Saúde Pública Profº Gonçalo Moniz (Lacen-BA) nesta segunda, 05, publicou em seu Boletim um relatório dos resultados parciais referente ao sequenciamento de nova geração das amostras de SARS-CoV-2 que estão circulando na Bahia no mês de março, foram sequenciadas 32 (trinta e duas) amostras, das quais 62,5% (20/32) foram identificadas como a variante P1, 21,9% (7/32) P2, 9,4% (3/32) B.1.17 e 6,2% (2/32) da linhagem B.1.1.28.
Municípios com variantes
Durante o período de 18 de setembro até o dia 30 de março de 2021, a equipe do Lacen realizou o sequenciamento de 175 genomas completos do SARS-CoV-2, provenientes de pacientes com sintomas coronavirus-like, residentes em diferentes municípios da Bahia: Alagoinhas (n=2), Alcobaça (n=1), Amargosa (n=6), Amelia Rodrigues (n=1), Anguera (n=1), Barra do Rocha (n=3), Brumado (n=2), Caem (n=1), Camacan (n=2), Campo Alegre de Lourdes (n=1), Campo Formoso (n=2), Canavieiras (n=1), Candeias (n=2), Catu (n=3), Cipó (n=1), Conceição do Jacuípe (n=1), Cruz das Almas (n=1), Curaçá (n=1), Dias D’Avila (n=1), Eunápolis (n=1), Feira de Santana (n=14), Gandu (n=1), Gongogi (n=1), Guanambi (n=1), Guaratinga (n=1), Ibicaraí (n=2), Ibirataia (n=1), Ilhéus (n=4), Ipiaú (n=2), Irecê (n=1), Itabuna (n=6), Itacaré (n=2), Itapetinga (n=2), Itororó (n=2), Jaguaquara (n=1), Jequié (n=1), João Dourado (n=2), Juazeiro (n=2), Lauro de Freitas (n=4), Luís Eduardo Magalhães (n=2), Mairi (n=1), Maragogipe (n=1), Mata de São João (n=1), Morpará (n=1), Mucugê (n=1), Nazaré (n=1), Paulo Afonso (n=1), Pilão Arcado (n=1), Pindaí (n=1), Pindobaçu (n=1), Ponto Novo (n=1), Porto Seguro (n=3), Prado (n=1), Riachão do Jacuípe (n=1), Salvador (n=44), Santa Cruz Cabrália (n=1), Santaluz (n=1), Santo Antônio de Jesus (n=1), Santo Estevão (n=1), São Francisco do Conde (n=1), São Sebastião do Passé (n=1), Senhor do Bonfim (n=1), Serra preta (n=1), Serrolândia (n=1), Simões Filho (n=2), Taperoá (n=1), Terra Nova (n=1), Teixeira de Freitas (n=1), Uruçuca (n=5), Valença (n=1), Valença (n=2) e Vitória da Conquista (n=2), cujo diagnóstico molecular resultou positivo para o SARS-CoV-2.
Foi também incluída no sequenciamento uma amostra obtida no município de Seabra de um viajante do município de São João de Meriti, do estado do Rio de Janeiro.
Os genomas seqüenciados, utilizando a tecnologia desenvolvida pela Thermo Fisher Scientific (Ion GenestudioS5 Plus), apresentaram em sua grande maioria cobertura superior a 98% do genoma total.
Escolha das amostras
A escolha das amostras para o seqüenciamento foi baseada na representatividade de todas as regiões geográficas do estado da Bahia, casos suspeitos de reinfecção, amostras de indivíduos que evoluíram para óbito, contatos de indivíduos portadores de variantes de atenção (VOC) e indivíduos que viajaram para área de circulação das novas variantes com sintomas clínicos característicos, como dificuldade de respirar, muito cansaço, SRAG e/ou pneumonia.
As amostras selecionadas apresentaram valores de Ct (cyclethreshold) que variaram entre 14.36 e 32.98 (média= 27.081). As 175 sequências genômicas do vírus SARS-CoV-2 foram analisadas utilizando o software Genome Detective – CoronavirusTyping Tool.
A avaliação da linhagem foi realizada utilizando a ferramenta Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak LINeages disponível em https://github.com/hCoV-2019/pangolin, seguindo a recente classificação dinâmica proposta por Rambaut e colaboradores (Rambaut et al 2020).
Sub-linhagem B.1.1.
Foi identificada a co-circulação de 13 linhagens diferentes do SARS-CoV-2 no estado da Bahia ao longo do tempo, de acordo com a nova classificação das linhagens do SARS-CoV-2, provavelmente vinculadas a múltiplos eventos de importações concomitantes com um alto número de infecções registradas no estado. Interessantemente, os resultados preliminares sugerem que o número de linhagens circulantes mudou com o tempo.
A sub-linhagem B.1.1. foi a primeira identificada em fevereiro, marcando a introdução primária de casos importados da Europa (relacionada ao primeiro caso importado do paciente index no estado da Bahia, uma mulher residente no município de Feira de Santana que havia voltado da Itália). Desde então, sublinhagens adicionais foram identificadas no estado, sendo possivelmente relacionadas a múltiplos eventos de importação que ocorreram nesse período.
Surgimento das Variantes P.1, P.2, C.14 e B.1.1.7
Em janeiro 2021 foram também detectadas no estado as novas variantes do SARS-CoV-2 recentemente identificadas no Brasil, sendo elas a variante P.1 e P.2 isoladas pela primeira vez no Norte (Manaus, Amazonas) e no Sudeste do país (Rio de Janeiro). Em fevereiro de 2021 também foi detectada a linhagem peruana C.14, marcando a introdução da mesma através de um viajante por meio de um navio e a linhagem B.1.1.7 ou variante do Reino Unido ou britânica, detectada no Reino Unido pela primeira vez no início de dezembro de 2020. Assim, no comparativo mês a mês, vemos o crescimento da diversidade de cepas detectadas no estado, chegando ao maior número desde o início da pandemia.
Caso de reinfecção na Bahia
Nos genomas analisados, foi identificado um caso de reinfecção de um paciente, sexo masculino, residente no município de Salvador, que teve a primeira infecção de COVID-19 em julho de 2020, variante B.1.1.33 e a segunda infecção em novembro de 2020 pela variante B.1.1.28.
Avaliação dos óbitos
No sequenciamento realizado em fevereiro de 2021, 09 (nove) amostras de indivíduos que evoluíram para óbito foram sequenciadas, das quais detectamos as linhagens B.1.1.28 (n=2), B.1.1.33 (n=1), B.1.1.143 (n=1) e as variantes P1 (n=3) e P2 (n=2).
No mês de março foram sequenciadas 32 (trinta e duas) amostras, das quais 62,5% (20/32) foram identificadas como a variante P1, 21,9% (7/32) P2, 9,4% (3/32) B.1.17 e 6,2% (2/32) da linhagem B.1.1.28. Destas, 10 (dez) amostras foram provenientes de casos de óbitos, sendo detectadas a linhagem B1.1.28 (n=1), além das variantes B1.1.7 (n=1), P2 (n=1) e P1(n=7).
Minimizar o contágio
Esses dados preliminares sugerem que a mobilidade humana representa um fator crucial para a dispersão do SARS-CoV-2 e das novas variantes, portanto distanciamento social e medida de restrições ainda continuam sendo essenciais para tentarmos minimizar a circulação deste patógeno no Brasil. Mais esforços de sequenciamento são necessários para geração de novos dados genômicos que permitirão realizar inferências filogenéticas mais detalhadas sobre a dispersão do vírus no estado.
Por Neide Lu – Portal Fala Você Notícias
